Belangrijkste verschil - BLAST versus FASTA

BLAST en FASTA zijn twee programma's voor het zoeken naar overeenkomsten die homologe DNA-sequenties en eiwitten identificeren op basis van de overmatige sequentie-overeenkomst. De overmatige overeenkomst tussen twee DNA- of aminozuursequenties ontstaat door de gemeenschappelijke voorouders-homologie. Het meest effectieve zoeken naar overeenkomsten is het vergelijken van aminozuursequenties van eiwitten in plaats van DNA-sequenties. Zowel BLAST als FASTA gebruiken een scorestrategie om twee sequenties te vergelijken en zeer nauwkeurige statistische schattingen te geven over de overeenkomsten tussen sequenties. De grootste verschil tussen BLAST en FASTA is dat BLAST is vooral betrokken bij het vinden van niet-afgekapte, lokaal optimale sequentie-uitlijningen terwijl FASTA is betrokken bij het vinden van overeenkomsten tussen minder vergelijkbare sequenties.

Belangrijkste gebieden die worden gedekt

1. Wat is BLAST - Definitie, programma's, gebruik2. Wat is FASTA – Definitie, programma's, gebruik3. Wat zijn de overeenkomsten tussen BLAST en FASTA – Gemeenschappelijke kenmerken4. Wat is het verschil tussen BLAST en FASTA – Vergelijking van de belangrijkste verschillen

Sleutelbegrippen: BLAST, FASTA, DNA, nucleotide, eiwit, aminozuur, homologie, gelijkenis, verwachtingswaarde

Wat is BLAST

BLAST staat voor Basishulpmiddel voor lokale uitlijning. Hiermee wordt gezocht naar overeenkomsten tussen een querysequentie en de sequenties die zijn gedeponeerd op de website van het National Center for Biotechnology Information (NCBI). De vermeende genen in de zoeksequentie kunnen worden gedetecteerd op basis van de sequentiehomologie van de gedeponeerde sequenties. BLAST is populair als een bioinformatica-instrument vanwege het vermogen om snel regio's met lokale gelijkenis tussen twee sequenties te identificeren. BLAST berekent een verwachtingswaarde, die het aantal overeenkomsten tussen twee reeksen schat. Het maakt gebruik van de lokale uitlijning van sequenties. De NCBI BLAST-webinterface is hier te vinden.

Afbeelding 1: NCBI BLAST-webinterface

Verschillende BLAST-zoekopdrachten

BLAST-programma	Query en database
BLASTN (nucleotide-BLAST)	Zoekopdracht – Nucleotide, Database – Nucleotide
BLASTP (eiwit BLAST)	Zoekopdracht – Eiwit, Database – Eiwit
BLASTX	Query – Vertaald nucleotide, Database – Eiwit
TBLASTN	Query – Eiwit, Database – Vertaald nucleotide
TBLASTX	Query – Vertaald nucleotide, Database – Vertaald nucleotide

Wat is FASTA

FASTA is een ander hulpmiddel voor het uitlijnen van sequenties dat wordt gebruikt om overeenkomsten tussen sequenties van DNA en eiwitten te zoeken. De zoekreeks wordt opgesplitst in reekspatronen of woorden die bekend staan ​​als k-tupels en de doelreeksen worden doorzocht op deze k-tupels om de overeenkomsten tussen de twee te vinden. FASTA is een prima hulpmiddel voor het zoeken naar overeenkomsten. Bij het vinden van sequentieovereenkomsten is de beste manier om uw zoekopdracht uit te voeren, eerst een BLAST-zoekopdracht uit te voeren en vervolgens naar FASTA te gaan. Het FASTA-bestandsformaat wordt veel gebruikt als invoermethode in andere sequentie-uitlijningstools zoals BLAST. De webinterface voor FASTA, die beschikbaar is bij het European Bioinformatics Institute (EBI), is hier te vinden.

Afbeelding 2: FASTA-webinterface

FASTA-programma's

FASTA-programma	Beschrijving
FASTA	Eiwit – eiwitsequentievergelijking of nucleotide – nucleotidesequentievergelijking
FASTX, FASTY	Nucleotide - eiwitsequentievergelijking.
ZOEKEN	Lokale uitlijning tussen eiwit - eiwit of nucleotide - nucleotidesequentie
GGSEARCH	Globale afstemming tussen eiwit - eiwit of nucleotide - nucleotidesequentie
GLSEARCH	Globale uitlijning van de query en lokale uitlijning van de sequenties in de database.

Overeenkomsten tussen BLAST en FASTA

Verschil tussen BLAST en FASTA

Definitie

ONTPLOFFING: BLAST is een algoritme voor het vergelijken van primaire biologische sequentie-informatie zoals nucleotide- of aminozuursequenties.

FASTA: FASTA is een softwarepakket voor het uitlijnen van DNA- en eiwitsequenties.

Betekent

ONTPLOFFING: BLAST staat voor Basic Local Alignment Search Tool.

FASTA: FASTA is een afkorting van "fast-all" of "FastA".

Globale/lokale afstemming

ONTPLOFFING: BLAST maakt gebruik van lokale sequentie-uitlijning.

FASTA: FASTA gebruikt eerst lokale sequentie-uitlijning en breidt vervolgens het zoeken naar overeenkomsten uit naar globale uitlijning.

Lokale reeksuitlijning

ONTPLOFFING: BLAST zoekt naar overeenkomsten in lokale uitlijning door individuele residuen in de twee sequenties te vergelijken.

FASTA: FASTA zoekt naar overeenkomsten in lokale uitlijningen door sequentiepatronen of woorden te vergelijken.

Type zoekopdracht

ONTPLOFFING: BLAST is beter voor het zoeken naar overeenkomsten in nauw overeenkomende of lokaal optimale sequenties.

FASTA: FASTA is beter voor het zoeken naar overeenkomsten in minder vergelijkbare sequenties.

Type werk

ONTPLOFFING: BLAST werkt het beste voor het zoeken naar eiwitten.

FASTA: FASTA werkt het beste voor het zoeken naar nucleotiden.

Hiaten in zoekvolgorde

ONTPLOFFING: In BLAST zijn hiaten tussen query- en doelsequenties niet toegestaan.

FASTA: In FASTA zijn hiaten toegestaan.

Gevoeligheid

ONTPLOFFING: BLAST is een gevoelige bioinformatica tool.

FASTA: FASTA is gevoeliger dan BLAST.

Snelheid

ONTPLOFFING: BLAST is sneller dan FASTA.

FASTA: FASTA is minder snel tol in vergelijking met BLAST.

ontwikkelaars

ONTPLOFFING: BLAST is ontworpen door Stephen Altschul, Webb Miller, Warren Gish, Eugene Myers en David J. Lipman bij het National Institute of Health in 1990.

FASTA: FASTA is in 1985 ontwikkeld door David J. Lipman en William R. Pearson.

Betekenis

ONTPLOFFING: Op dit moment is BLAST de meest gebruikte bioinformatica-tool voor het zoeken naar overeenkomsten.

FASTA: De erfenis van FASTA is het FASTA-formaat, dat nu alomtegenwoordig is in de bio-informatica.

Conclusie

BLAST en FASTA zijn twee paarsgewijze sequentie-uitlijningshulpmiddelen die in de bio-informatica worden gebruikt voor het zoeken naar overeenkomsten tussen DNA- of eiwitsequenties. BLAST is het meest gebruikte hulpmiddel voor de lokale uitlijning van nucleotide- en aminozuursequenties. FASTA is een fijne tool voor het zoeken naar overeenkomsten die gebruik maakt van sequentiepatronen of woorden. Het is het meest geschikt voor het zoeken naar overeenkomsten tussen minder vergelijkbare sequenties. Het belangrijkste verschil tussen BLAST en FASTA zit in de strategieën voor het zoeken naar overeenkomsten die in elke tool worden gebruikt.

Verwijzing:

1. Madden, Thomas. "De BLAST-reeksanalysetool." Het NCBI-handboek [Internet]. 2e editie.V.S. National Library of Medicine, 15 maart 2013. Web. Hier beschikbaar. 09 juni 2017. 2. "Paarsgewijze sequentie-uitlijning met behulp van FASTA." Amrita Vishwa Vidyapeetham-universiteit. n.p., n.d. Web. Beschikbaar Hier. 09 juni 2017.

Afbeelding met dank aan:

1. BLAST officiële site2.FASTA officiële site