De grootste verschil tussen kolonie en plaque hybridisatie is dat de koloniehybridisatie is de methode die wordt gebruikt bij de selectie van bacteriële kolonies met de gewenste genen, terwijl de plaquehybridisatie de selectiemethode is van fagen met gewenste genen. Bovendien kan koloniehybridisatie worden gebruikt bij het screenen van op plasmiden of cosmide gebaseerde bibliotheken, terwijl plaquehybridisatie kan worden gebruikt bij het screenen van faagbibliotheken.

Kolonie- en plaquehybridisatie zijn twee technieken die worden gebruikt bij het screenen van genomische of cDNA-bibliotheken. Ze worden ook wel kolonie lift en plaque-lift respectievelijk.

Kolonie, koloniehybridisatie, bibliotheekscreening, plaque, plaquehybridisatie

Wat is koloniehybridisatie?

Koloniehybridisatie is een screeningsmethode die wordt gebruikt bij de selectie van bacteriële kolonies met een gewenste DNA-sequentie. Het wordt ook wel kolonievlekhybridisatie, kolonielift of replica beplating. Het maakt het screenen van kolonies met een hoge dichtheid mogelijk. De oorspronkelijke procedure van koloniehybridisatie werd voor het eerst ontwikkeld door Grunstein en Hogness. Ten eerste kunnen de bacteriekolonies op een membraan worden getransformeerd en de bacteriekolonies worden gelyseerd, waardoor de nucleïnezuren bloot komen te liggen. Vervolgens worden de blootgestelde nucleïnezuren op het membraan gefixeerd door ze te denatureren en worden ze gehybridiseerd met de radioactieve probes.

Figuur 1: Methode voor koloniehybridisatie

Een kolonie is een cluster van bacteriën die is ontwikkeld uit een enkele bacteriële cel via de ongeslachtelijke voortplanting. Daarom hebben alle bacteriële cellen in een bepaalde kolonie dezelfde genetische samenstelling als het getransformeerde genetische materiaal. In het algemeen worden bacteriën getransformeerd met behulp van plasmide- of cosmidevectoren.

Wat is plaquehybridisatie?

Plaquehybridisatie is de screeningsmethode voor recombinante fagen. Het is een modificatie van koloniehybridisatie door Benton en Devis in 1977. De methode wordt ook wel genoemd plaque-lift. De plaquehybridisatieprocedure is vergelijkbaar met de koloniehybridisatieprocedure en de plaques worden opgeheven door ze in contact te brengen met een nitrocellulosemembraan. Nucleïnezuren worden vervolgens blootgesteld aan en gefixeerd op het membraan, hybridiserend met gewenste probes.

Figuur 2: Plaques op een agarplaat

Een plaque is een heldere zone op een agarplaat die wordt geproduceerd door een bepaalde bacteriofaag door de lysis van bacteriële cellen op dat gebied. Door de kleinere hoeveelheid DNA die op het nitrocellulosemembraan wordt overgebracht, produceert plaquehybridisatie minder achtergrondsignalen.

Overeenkomsten tussen kolonie- en plaquehybridisatie

Verschil tussen kolonie- en plaquehybridisatie

Definitie

Koloniehybridisatie verwijst naar een methode voor het selecteren van bacteriële kolonies met gewenste genen, terwijl plaquehybridisatie verwijst naar een screeningsmethode die wordt gebruikt bij de identificatie van recombinante fagen.

Ontwikkeld door

De koloniehybridisatie werd voor het eerst ontwikkeld door Grunstein en Hogness, terwijl de plaquehybridisatie voor het eerst werd ontwikkeld door Benton en Devis in 1977.

Soorten bibliotheken

Koloniehybridisatie omvat de identificatie van op plasmiden of cosmide gebaseerde bibliotheken, terwijl plaquehybridisatie de identificatie van faagbibliotheken omvat.

Aantal liften

Kolonies kunnen een enkele keer worden opgetild, terwijl plaques meerdere keren kunnen worden opgetild.

Achtergrondsignalen

Conclusie

De koloniehybridisatie is een screeningsmethode van bacteriële kolonies in de bibliotheken die zijn geproduceerd met plasmide- of cosmidevectoren. Aan de andere kant is plaquehybridisatie een screeningsmethode van bacteriofagen in de faagbibliotheken. Het belangrijkste verschil tussen kolonie- en plaquehybridisatie is het type bibliotheken dat in elke methode wordt gescreend.

Verwijzing:

1. Kaksonen, Anna. "Moleculaire benaderingen voor analyse van microbiële gemeenschappen." Uitloging - BioMineWiki, 20 april 2006, hier beschikbaar2. Dale, JW en PJ Greenaway. "Identificatie van recombinante fagen door plaquehybridisatie." Methoden in Molecular Biology (Clifton, N.J.)., U.S. National Library of Medicine, hier beschikbaar

Afbeelding met dank aan:

1. "Blothybridisatie" door Kaksonen - http://wiki.biomine.skelleftea.se/biomine/molecular/index_22.htm (Public Domain) via Commons Wikimedia 2. "M. smegmatis plaque" Door Wazzzup7up - Eigen werk (Public Domain) via Commons Wikimedia