De grootste verschil tussen exoom en transcriptoom is dat de exome is de volledige sequentie van alle exons in eiwitcoderende genen in het genoom, terwijl het transcriptoom de verzameling boodschapper-RNA-moleculen is die zijn afgeleid van eiwitcoderende genen. Bovendien beslaat exoom 1-2% van de totale genoomsequentie, terwijl transcriptoom minder dan 4% van het totale RNA van de cel uitmaakt.

Exoom en transcriptoom zijn twee verzamelingen sequenties in eiwitcoderende genen in het genoom. Beide hebben verschillende toepassingen in genomische studies en in ziektediagnose.

Belangrijkste gebieden die worden gedekt

1. Wat is Exome - Definitie, feiten, technieken 2. Wat is transcriptoom? - Definitie, feiten, technieken 3. Wat zijn de overeenkomsten tussen Exome en Transcriptome? – Overzicht van gemeenschappelijke functies 4. Wat is het verschil tussen Exome en Transcriptome? – Vergelijking van de belangrijkste verschillen

Sleutelbegrippen

Exon, Exome, mRNA, eiwitcoderende genen, transcriptoom

Wat is Exome

Het exoom is de verzameling exons in de eiwitcoderende genen van het genoom van een bepaald organisme. De coderende sequentie van het genoom is geclusterd in genen, die kunnen worden gecodeerd voor eiwitten of RNA. In het prokaryotische genoom wordt de coderende sequentie niet onderbroken door andere sequenties, terwijl in het eukaryote genoom de coderende sequentie van het gen wordt onderbroken door niet-coderende sequenties die introns worden genoemd. Daarom worden de geclusterde coderende sequenties exons genoemd.

Figuur 1: Exons en introns

In eiwitcoderende genen transcribeert RNA-polymerase zowel introns als exons in het precursor-mRNA tijdens transcriptie. De ingebouwde introns worden verwijderd tijdens de volgende post-transcriptionele modificaties. De belangrijkste technologie die wordt gebruikt bij de studie van het exoom is de whole-exome sequencing (WES). WES is betrokken bij de hybridisatie van het gefragmenteerde DNA van een bepaald genoom om de doel-DNA-sequenties te identificeren, gevolgd door sequencing.

Wat is transcriptoom?

Transcriptoom is de totale set mRNA's die in een cel tot expressie worden gebracht. Het is goed voor minder dan 4% van het totale RNA van de cel. Omdat transcriptoom de samenstelling van het proteoom specificeert, bepaalt het de biochemische capaciteit van die specifieke cel. Ook kan transcriptoom van een bepaalde cel niet worden gesynthetiseerd en komt het altijd naar de dochtercel van de oudercel tijdens celdeling. Dus transcriptie, het proces van het produceren van RNA, is de stap voor het onderhoud van het transcriptoom.

Figuur 2: Transcriptoom van pluripotente cel

Aan de andere kant, hoewel elke cel informatie bevat voor de productie van het volledige transcriptoom van de soort, hangen de tot expressie brengende genen in de cel ook af van de omgevingsfactoren. De twee belangrijkste technologieën die worden gebruikt bij de studie van transcriptomen zijn microarray en RNA-seq.

Overeenkomsten tussen Exome en Transcriptome

Verschil tussen Exome en Transcriptome

Definitie

Exome verwijst naar het deel van het genoom dat bestaat uit exons, die informatie coderen voor eiwitsynthese, terwijl transcriptoom verwijst naar het totaal van alle boodschapper-RNA-moleculen die tot expressie worden gebracht in de genen van een organisme. Het belangrijkste verschil tussen exoom en transcriptoom spreekt dus voor zich uit deze definitie.

Betekenis

Daarom is het exoom de totale set exons in de eiwitcoderende genen, terwijl het transcriptoom de totale set mRNA's is die in de cel tot expressie worden gebracht.

DNA of RNA

Ook bestaat het exoom uit DNA, terwijl transcriptoom uit RNA bestaat.

Hoeveelheid

Exome vertegenwoordigt 1-2% van het totale genoom, terwijl transcriptoom minder dan 4% van het totale RNA van de cel vertegenwoordigt.

Peil

Een ander verschil tussen exoom en transcriptoom is dat het exoom zich op het genomische niveau bevindt, terwijl het transcriptoom zich op het transcriptieniveau bevindt.

Technieken

Bovendien is sequencing van het hele exoom de techniek om het exoom te bepalen, terwijl microarray en RNA-seq het transcriptoom bepalen.

Conclusie

Het exoom is de gehele set exons in het genoom bepaald door de WES van het genoom. Daarom is exome een op DNA gebaseerd concept. Maar transcriptoom is een op RNA gebaseerd concept, omdat het de volledige set mRNA's van de cel is. Het belangrijkste verschil tussen exoom en transcriptoom is hun concept.

Verwijzing:

1. Warr, Amanda et al. "Exome Sequencing: huidige en toekomstige perspectieven." G3: Genen | Genomen | Genetica 5.8 (2015): 1543-1550. PMC. Web. 6 sept. 2018. Beschikbaar Hier2. Bruin TA. genomen. 2e editie. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Hoofdstuk 3, Transcriptomen en Proteomen. Beschikbaar Hier

Afbeelding met dank aan:

1. "DNA exons introns" door National Human Genome Research Institute - (Public Domain) via Commons Wikimedia 2. "Het transcriptoom van pluripotente cellen" door Grskovic, M. en Ramalho-Santos, M., Het pluripotente transcriptoom (10 oktober, 2008), StemBook, uitg. De stamcelonderzoeksgemeenschap, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. – [1] DirectStemBook Figuur 2 Het transcriptoom van pluripotente cellen. Grskovic, M. en Ramalho-Santos, M., Het pluripotente transcriptoom (10 oktober 2008), StemBook, ed. De stamcelonderzoeksgemeenschap, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia