De grootste verschil tussen gelelektroforese en SDS PAGE is dat: gelelektroforese is een techniek die wordt gebruikt om DNA, RNA en eiwitten te scheiden, terwijl SDS PAGE een type gelelektroforese is dat voornamelijk wordt gebruikt om eiwitten te scheiden. Over het algemeen geeft SDS PAGE een betere resolutie dan de reguliere gelelektroforese.

Gelelektroforese en SDS PAGE zijn technieken in de biotechnologie die helpen bij de scheiding van macromoleculen op basis van de lading en grootte. Doorgaans gebruikt gelelektroforese agarosegelsteken voor de scheiding, terwijl SDS PAGE polyacrylamidegelsteken gebruikt.

Belangrijkste gebieden die worden gedekt

1. Wat is gelelektroforese? - Definitie, procedure, belang 2. Wat is VIB-PAGINA? - Definitie, procedure, belang 3. Wat zijn de overeenkomsten tussen gelelektroforese en SDS PAGE? – Overzicht van gemeenschappelijke functies 4. Wat is het verschil tussen gelelektroforese en SDS-PAGINA? – Vergelijking van de belangrijkste verschillen

Sleutelbegrippen: agarose, DNA, gelelektroforese, polyacrylamide, eiwitten, SDS PAGE

Wat is gelelektroforese?

Gelelektroforese is een techniek die fragmenten van macromoleculen zoals DNA, RNA en eiwitten scheidt op basis van hun grootte en lading. Tijdens gelelektroforese bewegen macromoleculen onder invloed van een elektrisch veld op een gelmatrix, die poriën bevat waar de macromoleculen doorheen bewegen. Gelelektroforese is de algemene techniek die DNA analyseert van PCR-, RFLP-, klonerings-, DNA-sequencing- of blotting-technieken. Nanodeeltjes kunnen ook worden gescheiden door gelelektroforese. De gelsteek wordt bereid uit een polysacharide, agarose genaamd, afgeleid van zeewier. Agarosegels bestaan ​​uit agarosemoleculen met een lange keten die met elkaar verbonden zijn als een spinnenweb. De video 1 beschrijft de bereiding van een agarosegel.

Zowel DNA als RNA bevatten fosfaatgroepen op elk van hun monomeernucleotiden. Daarom hebben ze een gelijke negatieve lading door het hele molecuul. Bovendien migreren ze naar de positieve elektrode onder het elektrische veld. De snelheid van migratie hangt af van de grootte van het nucleïnezuur. Kortere moleculen migreren sneller door de poriën, terwijl de grotere wat tijd nodig hebben.

Figuur 1: DNA-banden op een agarosegel

Wat is VIB PAGE

SDS PAGE (natriumdodecylsulfaat-polyacrylamidegelelektroforese) is een analytische techniek die wordt gebruikt om geladen moleculen te scheiden op basis van de grootte. In dit proces wordt SDS gebruikt om eiwitten te isoleren door ze te denatureren. Aangezien SDS een wasmiddel is; de tertiaire structuur van eiwitten wordt erdoor verstoord, waardoor het gevouwen eiwit tot een lineair molecuul wordt teruggebracht. Ook bedekt het dat lineaire eiwitmolecuul met een uniforme negatieve lading. SDS PAGE bestaat uit twee gels met verschillende concentraties. De bovenste laag wordt de stapelgel genoemd waarop de monsters worden geladen, terwijl de onderste laag de oplossende gel wordt genoemd. De polyacrylamideconcentratie van stapelgel is 3,5-4% (grote poriegrootte) en het concentreert eiwitten in één band. De polyacrylamideconcentratie in de oplossende gel is 4-20% (kleine poriegrootte) en het scheidt eiwitten op basis van hun grootte. De video 2 toont de voorbereiding van een SDS-PAGINA.

SDS PAGE zorgt voor een snelle scheiding van eiwitten, wat helpt bij de daaropvolgende analyse, zoals Western-blotting.

Figuur 2: Eiwitbanden op SDS PAGE

Aangezien het oplossend vermogen van SDS PAGE hoger is dan dat van een gewone agarosegel, helpt SDS PAGE om kleine DNA-fragmenten met een grootte van 5-500 bp te scheiden.

Overeenkomsten tussen gelelektroforese en SDS PAGE

Verschil tussen gelelektroforese en SDS PAGE

Definitie

Gelelektroforese: Techniek die wordt gebruikt om fragmenten van macromoleculen zoals DNA, RNA en eiwitten te scheiden op basis van hun grootte en lading

VIB-PAGINA: Een analytische techniek die wordt gebruikt om geladen moleculen te scheiden op basis van de grootte

Samenstelling

Gelelektroforese: Gelijk over de hele gel; samengesteld uit agarose

VIB-PAGINA: Twee gels met verschillende concentraties; gemaakt van polyacrylamide

Configuratie uitvoeren

Gelelektroforese: Horizontale uitvoering

VIB-PAGINA: Verticale run

Castingmethodologie

Gelelektroforese: Wordt gezet terwijl het afkoelt

VIB-PAGINA: Sets door een chemische reactie

Porie grootte

Gelelektroforese: De poriegrootte is niet uniform; hoger de agaroseconcentratie, kleiner de poriegrootte

VIB-PAGINA: De poriegrootte is uniform; de verhouding van acrylamide tot bis-acrylamide bepaalt de poriegrootte

Concentratie

Gelelektroforese: 0.5-2%

VIB-PAGINA: 6-15%

Scheiding

Gelelektroforese: 50-20.000 bp nucleïnezuren

VIB-PAGINA: 5-250, 000 Da-eiwitten

Voorwaarden

Gelelektroforese: Over het algemeen uitgevoerd onder native omstandigheden

VIB-PAGINA: Denaturerende omstandigheden

Voorbereiding

Gelelektroforese: Eenvoudig

VIB-PAGINA: Een complex proces

kleuring

Gelelektroforese: Met ethidiumbromide

VIB-PAGINA: Coomassie-kleuring of zilverkleuring

Conclusie

Gelelektroforese is een analytische techniek die macromoleculen zoals DNA, RNA en eiwitten scheidt op basis van hun grootte. SDS PAGE is een type gelelektroforese dat voornamelijk wordt gebruikt om eiwitten te scheiden onder denaturerende omstandigheden. SDS PAGE heeft een hoger oplossend vermogen in vergelijking met reguliere gelelektroforese. Het belangrijkste verschil tussen gelelektroforese en SDS PAGE is het type gescheiden macromoleculen en hun procedure.

Verwijzing:

1. "Gelelektroforese." Khan Academy, hier beschikbaar 2. "SDS Polyacrylamide-gelelektroforese (SDS-PAGE)." Diamantina Institute, 26 april 2017, hier beschikbaar

Afbeelding met dank aan:

1. "Gelelektroforese 2" Von Mnolf - Foto genomen in Innsbruck, Oostenrijk (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia 2. "Coomassie3" door Yikrazuul - Eigen werk (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia