Belangrijkste verschil - VNTR versus STR

Repetitief DNA zijn de patronen van nucleïnezuren die in meerdere kopieën door het hele genoom voorkomen. Ze vormen een groot deel van het nucleaire DNA in eukaryoten. Tandemherhalingen zijn een van de belangrijkste typen repetitief DNA die repetitieve sequentie-eenheden kopiëren die naast elkaar liggen en een nucleotideblok vormen. VNTR (variabele aantal tandemherhalingen) en STR (korte tandemherhalingen) zijn twee soorten tandemherhalingen die worden aangetroffen in het eukaryote genoom. VNTR is een type minisatelliet-DNA, terwijl STR een type microsatelliet-DNA is. De grootste verschil tussen VNTR en STR is dat: de repetitieve eenheid van VNTR is 10-60 basenparen, terwijl de repetitieve eenheid van STR 2-6 basenparen is.

Belangrijkste gebieden die worden gedekt

1. Wat is VNTR - Definitie, kenmerken, belang 2. Wat is STR - Definitie, kenmerken, belang 3. Wat zijn de overeenkomsten tussen VNTR en STR – Overzicht van gemeenschappelijke functies 4. Wat is het verschil tussen VNTR en STR – Vergelijking van de belangrijkste verschillen

Sleutelbegrippen: forensische genetica, microsatelliet, minisatelliet, herhalende nucleotide-eenheden, STR, tandemherhalingen, VNTR

Wat is VNTR

VNTR verwijst naar een type tandemherhalingen waarbij een korte reeks nucleotiden (10-60 basenparen) een variabel aantal keren op een bepaalde locus wordt herhaald. Daarom is VNTR ook bekend als: minisatellieten. VNTR's zijn verspreid over de chromosomen van het eukaryote genoom. Over het algemeen varieert het aantal herhaalde eenheden in een VNTR van persoon tot persoon. Daarom varieert de lengte van de array gevormd door VNTR's ook tussen individuen. Omdat het variante aantal chromosomen van ouders wordt geërfd, kunnen ze worden gebruikt bij de ouderlijke of persoonlijke identificatie. De variatie van VNTR's bij zes personen wordt getoond in figuur 1.

Figuur 1: VNTR-variatie bij individuen

VNTR's zijn de eerste soorten polymorfismen die worden gebruikt bij DNA-profilering om de DNA-kenmerken van een bepaalde persoon te bepalen. Ze worden ook gebruikt als genetische markers in RFLP (restriction fragment length polymorphism), een techniek die gebruik maakt van PCR, gelelektroforese en de productie van bandpatronen door middel van Southern blotting.

Wat is STR

STR verwijst naar een type tandemherhalingen waarbij een korte reeks nucleotiden (2-6 basenparen) een variabel aantal keren wordt herhaald in een bepaalde locus. STR's zijn een soort microsatellieten en worden in de plantengenetica ook wel short sequence repeats (SSR's) genoemd. De herhalende eenheden bestaande uit een enkele nucleotide staan ​​​​bekend als single nucleotide polymorphism (SNP). STR's zijn het meest voorkomende type genetische polymorfismen dat momenteel wordt geanalyseerd in de forensische genetica. DNA-profilering met het gebruik van STR's als genetische markers wordt getoond in figuur 2.

Figuur 2: DNA-profilering

Mutaties in sommige STR-regio's leiden tot genetische ziekten zoals het fragiele X-syndroom en de ziekte van Huntington.

Overeenkomsten tussen VNTR en STR

Verschil tussen VNTR en STR

Definitie

VNTR: VNTR is een type tandemherhaling waarbij een korte reeks nucleotiden (10-60 basenparen) een variabel aantal keren op een bepaalde locus wordt herhaald.

STR: STR is een soort tandemherhaling waarbij een korte reeks nucleotiden (2-6 basenparen) een variabel aantal keren op een bepaalde locus wordt herhaald.

Aantal herhalende nucleotiden

VNTR: VNTR bestaat uit 10-60 basenparen.

STR: STR bestaat uit 2-6 basenparen.

Type repetitief DNA

VNTR: VNTR is een soort minisatelliet-DNA.

STR: STR is een type microsatelliet-DNA.

Aantal herhalingen

VNTR: VNTR bestaat uit 10-1, 500 herhalingen in de array.

STR: STR bestaat uit 5-200 herhalingen in de array.

Grootte van de array

VNTR: VNTR vormt een array van 0,5-15 kb.

STR: STR vormt een array van 10-1000 bp.

Complexiteit van de array

VNTR: VNTR produceert heterogene arrays.

STR: STR produceert homogene arrays.

Conclusie

VNTR en STR zijn twee soorten tandemherhalingen die arrays van aangrenzende repetitieve eenheden in het eukaryote genoom vormen. VNTR bestaat uit relatief lange herhalende eenheden van nucleotiden (10-60 basenparen). STR bestaat uit korte herhalende eenheden van nucleotiden (2-6 bp). Het belangrijkste verschil tussen VNTR en STR is de lengte van de herhalende eenheden van elk type tandemherhalingen.

Verwijzing:

1. "Tandemherhaling met variabel nummer." ScienceDirect-onderwerpen, hier beschikbaar. 2. "De wetenschap van forensische genetica." CRG - Raad voor verantwoorde genetica, hier beschikbaar.

Afbeelding met dank aan:

1. "D1S80Demo" door PaleWhaleGail op Engelse Wikipedia (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia 2. "Stages of Gene Fingerprinting" door Sneptunebear16 - Eigen werk (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia